우리는 현재 서 열 정렬을 구축 하 고, 계통 역사를 추론 하 고, 분자 진화를 수행 하기 위한 시설을 포함 하 고 있는 분자 진화 유전학 분석 (MEGA) 소프트웨어의 고급 버전 출시를 발표 합니다. 분석. 버전 6.0에서 MEGA는 계통에서 모든 분기 지점에 대 한 발산 시간을 추정 하기 위한 RelTime 방법을 구현 하므로 이제 timetrees 추론을 가능 하 게 합니다. MEGA6의 새로운 Timetree 마법사는 계통 및 교정 제약을 단계별로 지정 하는 GUI (그래픽 사용자 인터페이스)를 제공 하 여이 timetree 추론을 용이 하 게 합니다. 이 버전은 또한 진화 기준에서 최적의 나무를 검색 하는 향상 된 알고리즘을 포함 하 고 MEGA가 적용 될 수 있는 시퀀스 데이터 세트의 크기를 두 배로 할 수 있는 더 고급 메모리 관리를 구현 한다. MEGA6의 GUI와 커맨드 라인 버전은 모두 www.megasoftware.net에서 무료로 다운로드할 수 있습니다. 또한 메가 소스 코드를 업그레이드 하 여 MEGA가 64 비트 컴퓨터에서 해결할 수 있는 메모리 양을 늘리고, 이제는 최대 4gb 메모리를 사용 하 여 이전 제한의 두 배가 되었습니다. 소스 코드 업그레이드도 트리 탐색기에서 캔버스 크기를 증가 시켜 이제 4000 taxa 만큼 나무를 렌더링할 수 있습니다. 마지막으로, 가장 많이 사용 되는 옵션과 분석을 평가 하기 위해 사용 현황 분석 시스템을 구현 했습니다. 설치 시 사용자는 향후 개발의 우선 순위를 지정 하기 위해 사용자 커뮤니티의 요구 사항을 더 잘 이해할 수 있도록 이러한 노력에 참여할 수 있는 선택권을가지고 있습니다. 미래를 위해, 우리는 이미 메가의 전체 64 비트 버전의 릴리스 뿐만 아니라 분할 된 ML 계통 발생 분석에 대 한 지원을 계획 했다.

이러한 노력의 결과는 64 비트 명령줄 버전으로, www.megasoftware.net/reltime에서 다운로드할 수 있는 timetree 분석을 지 원하는 MEGA6 (마지막 액세스 10 월 19 일 2013) 이며 매우 큰 시퀀스 데이터 집합에 사용 됩니다. 메가의 다른 향상 된 기능: MEGA6의 새로운 timetree 시스템 외에도, 우리는 몇 가지 다른 유용한 개선 사항을 만들었습니다. 첫째, 우리는 최대의 가능성 (ML) 기준에 따라 최적의 트리를 검색 할 수 있는 하위 트리 정리 및 이식 (SPR) 알고리즘을 추가 한 parsimony (Swofford 1998; 네이와 쿠마 2000). 또한, 트리-비 그-앤-리 그라프 팅 (TBR) 알고리즘이 이제 MP 트리를 검색 하는 데 포함 됩니다. 이러한 알고리즘은 close 이웃 교환 (CNI) 접근법을 대체 하 고 트리 공간을 보다 철저 하 게 검색할 수 있도록 합니다 (Swofford 1998; 네이와 쿠마 2000). 이러한 알고리즘은 타 무라 외에서 분석 된 시뮬레이션 데이터 세트에서 테스트 되었다 (2011). SPR 휴리스틱 검색에 의해 생성 된 최종 나무는 평균적으로 진정한 나무 보다 더 최적이 었 고, 네이 외 (1998)에 의해 설명 된 현상이 다. 따라서 MEGA6 휴리스틱 검색은 실제 데이터 분석에서 잘 수행 될 것으로 예상 됩니다. 예상 시간에 대 한 신뢰 구간: MEGA6는 또한 추정 시간 및 생물학적 가설 테스트의 불확실성을 평가 하는 데 필요한 상대 및 절대 발산 시간에 대 한 신뢰 구간을 제공 합니다. 이 공식에서는 계보 (VR i) 간의 비율 변동이 존재 하는 경우 분산은 상대적 노드 시간 (vnt, i)의 예상 분산과 결합 됩니다. 우리는 모든 내부 노드 (CR)에 걸쳐 계보 비율의 변화 계수의 평균을 사용 하 여 VR을 계산 합니다. 먼저 분기 길이를 갖는 원래 트리의 각 내부 노드에 대 한 노드-팁 거리의 평균 (µ) 및 표준 편차 (σ)를 계산 하 여 얻어진 다.

그 후, CR = ∑)이 고, 여기서 n은 서 열의 수 이다. 노드 i의 경우, VR은 2입니다. 노드 높이 (VH, i)의 분산은 각 노드에 대 한 분기 길이 및이에 따른 상대 Nt의 최대 우도 추정 동안 얻어진 곡률 방법에 의해 추정 된다.